Zakynthos ist die südlichste der größeren Ionischen Inseln. Die Insel hat eine Fläche von 406 km² und ist maximal 40 km lang und 20 km breit. Die Längsächse der Insel verläuft von Nordwesten nach Südosten. Der nördlichste Punkt der Insel ist das Kap Skinari, der südlichste Punkt das Kap Marathia auf der gleichnamigen Halbinsel. Der westlichste Punkt der Insel ist das Kap Plemonari, der östlichste Punkt der Insel ist das Kap Vasilikos auf der Skopos-Halbinsel. Zakynthos liegt in etwa auf der gleichen geographischen Breite wie die griechische Hauptstadt Athen.

Die Insel wird grob durch zwei verschiedene Landschaftsformen unterteilt: Entsprechend der Längsachse der Insel von Nordwest nach Südost verläuft im Westen und Norden der Insel ein Gebirgsmassiv, dessen höchster Punkt der Berg Vrachionas mit einer Höhe von 756 m ist. Entsprechend fällt die Küste der Insel in ihrem gesamten westlichen Verlauf steil mit teilweise bis zu 200 m Höhe zum Ionischen Meer ab. Östlich am Gebirgsmassiv anschließend erstreckt sich nach Osten und Südosten eine größere Ebene, welche nur vereinzelt in Küstennähe Hügel aufweist.

Im Süden der Insel bilden die in etwa halbmondförmige Bucht von Laganas (Kolpos Lagana) einen nach Norden hin gerichteten Einschnitt in die Landmasse der Insel. Die Bucht von Laganas wird im Westen und im Osten durch zwei Halbinseln begrenzt. Im Westen grenzt die Marathia-Halbinsel (oder Keri-Halbinsel) die Bucht von Laganas gegen das offene Ionische Meer nach Westen ab. Die Halbinsel ist hügelig und erreicht an ihrem höchsten Punkt, dem Berg Kakavakia, 416 m über dem Meeresspiegel. Der zweithöchste Gipfel, der Skopos, ist 3 m niedriger. Die Küsten der Halbinsel Marathia sind Steilküsten, ausgenommen wenige Stellen an der Bucht von Laganas.

Die östliche Begrenzung der Bucht von Laganas bildet die Skopos-Halbinsel, welche die Bucht von Laganas gegen die Meeresenge des Zakynthos-Kanals abgrenzt.
Nach Südosten flacht die Skopos-Halbinsel ab und läuft im Kap Gerakas aus. Entsprechend finden sich vor allem auf der Ostseite der Halbinsel flache Küstenprofile, auf der Westseite wechseln sich flache und steile Küstenprofile ab.

Auf Zakynthos gibt es noch keine Marina, in der Hauptadt direkt am Haupthafen soll eine gebaut werden.
Einziger größerer Hafen der Insel ist Zakynthos. Hoch im Norden befindet sich noch die schönste Liegemöglichkeit. Die Bucht A. Nikolaos (37° 54,4'N 020° 42,5'E). Einige kleine Tavernen liegen direkt am Strand. Hier kann man nur Ankern. Viel Kette ist erforderlich.

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Zakynthos liegt in der mediterranen Klimazone und hat somit Niederschläge vor allem im Winterhalbjahr. Allerdings ist die Jahresniederschlagsmenge recht hoch, wodurch eine üppige Vegetation entsteht. Diese Niederschläge entstehen im Winter, wenn sich die Luft über dem warmen Ionischen Meer mit Feuchtigkeit vollsaugt und die Wolken dann von West nach Ost an der griechischen Westküste und somit auch in Zakynthos das erste Mal auf Land treffen und sich dort abregnen.
Das Ionische Meer ist bei Seglern bekannt für seine ruhigen Winde. Wir haben es so, aber auch mal anders erlebt:
- Ostern 1980 eine Reise von Malta nach Pylos, das ist ein Hafen an der Südwestseite des Peloppones: zweieinhalb Tage Maschine, erst 10 Meilen vor dem Peloppones kam der Wind.
- Pfingsten 2000 sah die Sache schon anders aus: Wir fuhren in der Nacht aus Malta ab, motorten bis zum Morgengrauen. Aber dann setzte der Wind ein, an die 7 Bft. und unser Katamaran machte 18,4 Knoten, das haben wir in den nächsten Jahren nie mehr erreicht.
Allgemein kann man sagen, dass die Ionischen Inseln recht zuverlässigen Nordwind bieten, der allerdings frühestens mittags einsetzt. Normalerweise hat er dann zwischen drei und fünf Beaufort.